Из  http://vovam.livejournal.com/4509.html с сокращениями.

По сути на WallStr к 2000 уже много кто торговал парные стратегии. Во второй половине 90х банкротство немецкого трейдера Метал... чего то там еще (длинное немецкое название), его порвало на товарных спредах спот-фьюч. Но отторговывал он опять же сходные пары (или инструменты с одной базой).К концу 90х дискреционные стратегии relative value, мутировали к методом парной торговли. Т.е.  часть позиций при колебании спредов, многие могли уже вполне осознанно ротировать на основе численных соображений.

Но, замечу, дискреционный long-short (в рамках хедж-фонда по кр. мере) как таковой, конечно был придуман намного раньше. В начале 50х. Ключевое отличие системной парной торговли, о которой идет речь, помимо "недискреционности" (системности), в том, что там внимание не фокусировалась на парах. Хотя и общая цель была в т.ч. и достижение какой то рыночной нейтральности (а о ценности этого, стало ясно из работ Марковица с 1957 и далее).
В то же время начинают идти различные академические публикации, посвященные этому методу.
Например: - Gatev, E., G., W. Goetzmann and K. Rouwenhorst, Draft 1998, Pairs Trading: Performance of a Relative Value Arbitrage Rule, working paper (Yale School of Management)http://finansist.com/blogimages/17211%5FSSRN%2Did141615%2Epdf Интересно, что авторы этой работы (на Gatev всегда идет много ссылок: http://papers.ssrn.com/sol3/cf_dev/AbsByAuth.cfm?per_id=141616) вскользь упоминают про коинтеграцию, но сами ее не используют.
-  Purnendu Nath London Business School   High Frequency Pairs Trading with U.S. TreasurySecurities: Risks and Rewards for Hedge Funds First Version: February 2002 (здесь вообще автор торгует неоднородную, intermarket, cross-section  модель так сказать. 100% эмпирика) http://www.scribd.com/doc/24908091/High-Frequency-Pairs-Trading-With-U-S-Treasury